La chiesa presenta un presbiterio rialzato con gradini che conducono all’altare maggiore, che è in pietra serena e di semplice fattura. Sul fondo si aprono le tre absidi. All’altezza dell’altare maggiore, la copertura diviene una volta a botte che termina nel catino dell’abside centrale, quasi a replicare in maniera simmetrica il vestibolo d’ingresso. Sopra la volta – sulla muratura frontale – è appeso il grande crocefisso proveniente dalla chiesa di Santa Maria a Metelliano.

Volte a botte, più basse rispetto a quella che sovrasta l’altare centrale, anticipano anche le due absidi laterali. Entrambi presentano un altare: su quello di destra è posizionato un elemento architettonico con monogramma IHS (rappresentazione abbreviata del nome di Gesù), con sopra la maiolica copia della Madonna del Conforto di Arezzo. L’altare dell’abside di sinistra, invece, ha un piccolo tabernacolo con crocefisso.

Una statua moderna di San Giuseppe con Bambino è posizionata tra l’altare centrale e quello di sinistra, addossata al semipilastro dove si imposta l’ultimo arco della navata laterale. Sulle paretei dell’abside centrale e sul semipilastro di destra, piccole statuette pensili raffigurano il Santo titolare della chiesa.